Trunderups navn stammer formodentlig fra det oldnordiske kvindenavn Thorgunn, som i sammentrukket form var Trund. Navnet er sat sammen med torp, der betyder udflytterbebyggelse. Navnet er i et gammelt skrift fra 1473 Trwndrop, – i 1531 er det ændret til Trundorp, men allerede i 1572 optræder nævnet Trundrup, som er næsten identisk med byens nuværende navn. Længe før den tid er der fundet righoldige eksempler på menneskelig eksistens. Det er bl.a. sket i forbindelse med anlæg af motorvejen og omfartsvejen nord om Trunderup. Her er der fundet gravpladser og talrige beviser på bebyggelser med bl.a. smedeværksted fra tiden omkring 0-500 efter Kr. fødsel (ældre jernalder). Andre steder på egnen er der fundet lignende beviser på, at der Kværndrup og Trunderup området har ligget flere bygder.
Trunderup har som landsby været nærmest selvforsynende med fødevarer og håndværk, indtil den moderne tid begyndte og ændrede landområdernes levevis. Egnen har altid været stærkt præget af stærke og oplyste gårdmænd, og landbrugserhvervet er stadig dominerende.
De store forandringer i individets stilling og muligheder kom tydeligt til udtryk i 1800 tallet. Grundtvigs tanker animerede til selvstændig stillingtagen, og der var tydelig motivation til at tage livsanliggender og opdragelse i egne hænder.
Hos familien Ane og Jens Jensen på Nørremosegaard i Trunderup blev der med Christens Kolds medvirken holdt hjemskole for familiens yngste barn fra 1851 – 1856, hvor Trunderup Friskole blev oprettet. Både Nørremosegaard og friskolen består i bedste velgående endnu og er således levende beviser på modig stillingtagen for over 150 år siden. Trunderup Friskole har i dag ca. 100 elever fra 0.-9. årgang.
Kværndrup Sogns Skytteforening blev oprettet i Trunderup i 1865 som landets første. Kaptajn Edvard Nielsen mødte sympati for sin tanke om at oprette skytteforeninger – som egentlig var forskoler til militæret – efter tabet af Sønderjylland i 1864. I Trunderup havde man selv haft krigen tæt inde på livet, da flere gårde blev anvendt som lazaretter for sårede, der blev fragtet fra Als til Fyn, hvor de modtog pleje. Foreningen fik 2 forladergeværer af Greven på Egeskov, og disse geværer anvendes stadig til sortkrudt skydning. Skytteforeningens første kårder og sabler, som blev brugt til at opøve våbenkunst og smidighed, findes på Trunderup Friskole. Disse våben blev brugt i friskolens første selvstændige bygning på Trunderup Dongsvej. Her blev der udøvet gymnastik og trænet i våbenkunst af skytteforeningens medlemmer.
På Trunderup Friskole findes også det gamle bylaugs kalde-horn fra 1778. Det blev brugt, når der skulle sammenkaldes til laugsmøder, hvor der blev tages beslutninger om forskellige fællesanliggender, bl.a. hvornår markarbejde skulle påbegyndes, idet jorden før udskiftningen var delt i så små strimler, at man skulle færdes over hinandens lodder. Ligeledes var det et fællesanliggende at få passet byens kålhave, der har ligget lige op ad det nuværende gadekær. Det gamle samlingssted for disse møder kan stadig identificeres, men ligger nu på privat område.
Trunderupernes stærke engagement i samtiden kom tydeligt til udtryk, da landets første valgmenighed blev dannet i Ryslinge i 1865 og senere da Ryslinge Valgmeninghed i 1921 blev delt i en valgmenighed og en frimenighed. Man var vant til at tage del i folkelige problematikker og tage standpunkt i samvittighedsspørgsmål. Egnen har historisk set båret præg af at kunne tage ansvaret for egne anliggender, men det har dog ikke kunnet modvirke, at alle butikker og små håndværks- og servicevirksomheder stort set er bukket under i perioden fra 1950-1980.